Graf Maximilians Erbtochter Anna verkaufte im Jahre 1551, bevor sie sich mit dem Prinzen Wilhelm von Oranien verheiratete, die Herrschaft Lingen für 120.000 Goldgulden an Kaiser Karl V. Dieser gliederte das neu erworbene Land seinen burgundischen Besitzungen in den Niederlanden ein. Mit Lingen besaß der Kaiser einen Wachtposten an der Ems und zugleich einen wichtigen Ausgangspunkt für politische, militärische und wirtschaftliche Aktivitäten in Nordwestdeutschland.
Als Karl V. im Jahre 1555 abdankte und die habsburgischen Länder an seine Söhne aufteilte, fielen die Niederlande und damit auch die Stadt Lingen an König Philipp II. von Spanien. Die Stadt an der Ems war damit zum östlichen Außenposten des spanischen Weltreiches geworden. Für eineinhalb Jahrhunderte schied sie faktisch aus dem Deutschen Reich aus und teilte das Schicksal der Niederlande.
Im spanisch- niederländischen Krieg (1568-1648) war Lingen lange Zeit heiß umkämpft und wechselte mehrfach den Besitzer. Für beide Parteien war es ein wichtiger Brückenkopf bei der Eroberung der östlichen Niederlande. Stadt und Burg Lingen wurden ein halbes Jahrhundert lang nach den neuesten, mehrfach sich ändernden Konzeptionen der Belagerungskunst zu einer der bedeutendsten Festungen in Nordwestdeutschland ausgebaut. Der Eroberung durch die Niederländer im Jahre 1597 folgte 1605 die Rückeroberung durch die Spanier. Mehrere Jahrzehnte lang lag in der Stadt eine starke Garnison. Zeitweise waren es über 2.000 Soldaten, die in der etwa 1.200 Einwohner und 180 Häuser zählenden Stadt einquartiert waren.
Als sich das Kriegsgeschehen mehr in den Süden verlagerte und Lingen dadurch zunehmend an strategischer Bedeutung verlor, stimmte die spanische Regierung in Brüssel 1632 der Neutralisierung Lingens zu. Die Festung wurde innerhalb weniger Monate geschleift, und Anfang 1633 ging Lingen in den Besitz des Prinzen von Oranien über. Von den Wirren des Dreißigjährigen Krieges blieb die Stadt fortan weitgehend verschont.